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En algunos casos hay un aumento en el número de patógenos y plagas.
 Ante la falta de rotación de cultivos o rotación incorrecta compilado aumenta el daño en algunas plagas y enfermedades. En primer lugar estamos hablando de organismos que dañan la planta huésped a la tierra. En Europa Central, los hongos patógenos, que se transportan a los cultivos de grano en post-cosecha los residuos puede servir como un ejemplo de "enfermedades de la rotación de cultivos." Resultó que la supresión de estos hongos se debe evitar en la rotación, la rotación de trigo y cebada y especialmente el trigo después de la siembra de trigo, mientras que la avena y otros cultivos son los precursores de bien. En la búsqueda de trigo después de trigo en un experimento, el grado de daño es igual a 3,8 puntos ofiobolezom en un sistema de evaluación de cinco puntos. Si el trigo por un año fueron excluidos de la rotación, el grado de daño sigue siendo igual a 2,4 puntos, después de dos años -1,4, y después de tres años - 0,1 puntos. Col Kyl también se refiere a las enfermedades de la rotación de cultivos. Al parecer, cuando la violación y las verduras crucíferas y plantas forrajeras se producen con demasiada frecuencia en el mismo campo. Particularmente receptivos a la col y el nabo, que por lo tanto, debe ser colocado en la rotación en el lugar más seguro para las crucíferas. Además, como una de las principales causas de los pobres de pérdidas post-cosecha en la rotación de cultivos puede ser llamada cancro del tallo y el virus del bronceado de guisantes (por ejemplo, cerca de las fábricas de conservas), la pudrición de plántulas de crucíferas, costras negro de las patatas y el cáncer de trébol.
De plagas en este sentido debe incluir, en primer lugar los nematodos. El número de nematodos en la terminación de la papa en el primer año se puede reducir en un 40-50% en el segundo año se reduce en un 20%, y el tercer año sólo el 10% de su tamaño original. Lo mismo se aplica a la planta-nematodo parásito de la otra, si son especializados para el dueño. Hay que tener en cuenta que los nematodos del quiste de la avena, aunque con menos facilidad, pero los cambios en el trigo y la cebada y el nematodo del quiste de la remolacha azucarera no se limita a la remolacha, pero también afecta a las crucíferas. El número de ciertos insectos también se incrementó en los últimos años con frecuentes regresos a los cultivos de campo o para el crecimiento de los cultivos perennes de campo.